Sinopsis
Shinichi Kudo, seorang detektif SMA berusia 17 tahun yang biasanya membantu polisi memecahkan kasus, diserang oleh 2 anggota sindikat misterius ketika mengawasi sebuah pemerasan. Dia kemudian diberi minum racun misterius yang baru selesai dikembangkan yang ditujukan untuk membunuhnya, namun karena sebuah efek samping yang jarang terjadi yang tidak diketahui anggota sindikat tersebut, racun tersebut mengakibatkan tubuhnya mengecil seperti bocah berusia tujuh tahun setelah mereka meninggalkannya.Untuk menyembunyikan identitasnya dan untuk menginvestigasi keadaan sindikat tersebut, yang selanjutnya dikenal dengan nama Organisasi berbaju Hitam atau Organisasi Hitam, dia menyamarkan namanya menjadi Conan Edogawa. Untuk mencari jejak sindikat tersebut, dia tinggal bersama dengan teman sejak kecilnya yang bernama Ran Mouri, yang ayahnya, Kogoro Mouri, merupakan seorang detektif swasta. Dia bersekolah di SD Teitan dan membentuk Grup Detektif Cilik dengan 3 teman sekelasnya; Ayumi Yoshida, Mitsuhiko Tsuburaya, dan Genta Kojima. Meskipun tubuhnya mengecil, dia tetap memecahkan kasus, biasanya dengan meniru suara Kogoro Mouri dengan alat yang diciptakan oleh tetangganya, Prof. Agasa. Kogoro Mouri, seorang detektif yang agak bodoh, awalnya bingung pada kemampuan memecahkan kasusnya meningkat secara mendadak, tetapi tidak heran karena ia senang karena ketenarannya yang meningkat. Ran Mouri pernah beberapa kali mencurigai bahwa Conan adalah Shinichi, namun karena kecerdikkan Conan, maka Ran pun percaya bahwa Conan bukanlah Shinichi.
Selanjutnya dalam seri ini, tokoh utama lainnya, Ai Haibara, muncul. Dia adalah seorang mantan anggota Organisasi Hitam, yang memiliki nama sandi "Sherry", nama aslinya adalah Shiho Miyano, seorang ilmuan yang mengembangkan racun APTX 4869 yang membuat tubuh Shinichi mengecil.Setelah kakaknya secara kejam dibunuh oleh anggota Organisasi Hitam, dia mencoba keluar dari organisasi itu namun dia ditangkap.Dia mencoba bunuh diri dengan menelan pil APTX 4869, namun ternyata tubuhnya mengecil, dan dia berhasil kabur dari mereka.Dia kemudian bersekolah di SD Teitan dengan nama samaran "Ai Haibara".Dia mengetahui identitas asli Conan dan membantunya dalam perjuangan Conan untuk menjatuhkan Organisasi Hitam.
Kemudian, Conan terlibat dengan Biro Investigasi Federal (FBI), dan mereka berhasil menangkap Kir, seorang anggota Organisasi Hitam. Kir kemudian diketahui merupakan seorang agen CIA yang menyamar, dan berjanji akan memberi informasi tentang Organisasi Hitam kepada FBI. Mereka kemudian mengembalikan Kir ke organisasi tersebut. Kemudian, dia memberitahukan kepada FBI bahwa di Organisasi Hitam ada seorang anggota baru bernama sandi Bourbon.
